El 15 de febrero de 1886 nació el Externado de Colombia como respuesta al absolutismo y a la supresión de la libertad de enseñanza impuestos por la dictadura de La Regeneración. 

La Universidad fue fundada por el joven jurista y educador Nicolás Pinzón Warlosten, quien, con el apoyo de un grupo de ilustres maestros del liberalismo radical, estableció una institución que, desde sus comienzos, ha permitido el estudio y examen libre de las ideas, ha acogido a alumnos de todas las regiones del país, ha practicado el respeto por los credos religiosos e ideologías políticas y ha promovido la tolerancia como fórmula para alcanzar la convivencia pacífica dentro de la heterogeneidad.

Se le llamó "Externado" porque la nueva institución recibió la influencia de los más modernos centros educativos europeos que, entonces, se oponían al viejo sistema del internado, colegio de origen medieval, inclinado a la catequización e impropio para el desarrollo autónomo de la personalidad. Externado implicaba, pues, apertura, libertad de estudio y de enseñanza.

A lo largo de su historia el Externado ha profesado los principios y valores que alentaron a sus fundadores. Han sido sus rectores Nicolás Pinzón Warlosten, Diego Mendoza Pérez, Ricardo Hinestrosa Daza y Fernando Hinestrosa.