La Universidad Externado de Colombia es miembro de las siguientes asociaciones:

Asociación Colombiana de Universidades, ASCUN.
La Universidad fue fundadora de la Asociación. Su rector fue presidente de la misma entre 1957 y 1963 y entre 1971 y 1977.

Unión de Universidades de América Latina, UDUAL.
El rector del Externado fue presidente de UDUAL entre 1976 y 1986.

Asociación Internacional de Universidades, AIU.
El rector de la Universidad fue miembro principal del Consejo de Administración entre 1985 y 1995.