De origen santandereano, nació en Bogotá. Hijo de Flavio Pinzón Flórez y Carmen Warlosten. Inició su educación en el Colegio de San Bartolomé; luego pasó a la Universidad Nacional, donde realizó estudios de Jurisprudencia.

A los 17 años de edad integró el batallón Libres de Colombia que defendió con las armas el amenazado gobierno liberal de don Aquileo Parra. Resultó herido en el combate de Yomasa. El 19 de diciembre de 1880, recibió el título de doctor en Jurisprudencia.

En 1881 se radicó en El Socorro, donde combatió con las armas del periodismo al gobierno del General Solón Wilches; fundó el periódico la Reivindicación; trabajó como maestro en el Colegio Público de Varones de Vélez.

Se desempeñó como cónsul de Colombia en Lyon (Francia) y agregado de la legación en Gran Bretaña y España.

El 15 de febrero de 1886 con el concurso de un grupo de catedráticos liberales, fundó el Externado de Colombia.